Управление МБОУ «Школа № 4» осуществляется на основе сочетания принципов самоуправления коллектива и единоначалия. В основу положена четырехуровневая структура управления:

• Первый уровень структуры – уровень стратегического управления. Директор школы определяет совместно с органами самоуправления стратегию развития школы, представляет его интересы в государственных и общественных инстанциях. Общее собрание трудового коллектива утверждает план развития школы. Директор  несет персональную юридическую ответственность за организацию жизнедеятельности своего образовательного учреждения, создает благоприятные условия для его развития.
• Второй уровень структуры управления– это уровень тактического управления – уровень заместителей директора. Этот уровень представлен также методическим советом — коллегиальным совещательным органом, в состав которого входят руководители  методических объединений.
• Третий уровень организационной структуры управления – это уровень оперативного управления, уровень учителей, функциональных служб, структурных подразделений школы. Методические объединения – структурные подразделения методической службы школы, объединяют учителей работающих над  единой методической темой.
• Четвертый уровень организационной структуры – это уровень оперативного соуправления — уровень обучающихся. Иерархические связи по отношению к субъектам пятого уровня предполагают курирование, помощь, педагогическое руководство.